Autoritățile din Paris au ales un site ușor accesibil, care se afla la acea vreme în afara capitalei: fostele cariere Tombe-Issoire de sub câmpia Montrouge. Funcționate cel puțin din secolul al XV-lea și apoi abandonate, aceste cariere erau o mică parte a labirintului care se întindea sub oraș peste 800 de hectare. Pregătirea amplasamentului și organizarea transferurilor osoase au fost încredințate lui Charles Axel Guillaumot, inspector la Departamentul de inspecție generală a carierelor. Misiunea acestui departament, care fusese fondată la 4 aprilie 1777, de Ludovic al XVI-lea, era să consolideze carierele abandonate în urma prăbușirilor majore ale terenului de sub Paris la mijlocul secolului al XVIII-lea.
Primele evacuări au fost făcute din 1785 până în 1787 și au vizat cel mai mare cimitir din Paris, cimitirul Sfinților-Inocenți, care fusese închis în 1780 după o utilizare consecutivă timp de aproape zece secole. Mormintele, mormintele comune și hambarul au fost golite de oasele lor, care au fost transportate noaptea pentru a evita reacțiile ostile ale populației pariziene și ale Bisericii. Oasele au fost aruncate în două puțuri de carieră și apoi distribuite și îngrămădite în galerii de către muncitorii din carieră. Transferurile au continuat după Revoluția Franceză până în 1814, cu suprimarea cimitirelor parohiale, precum Saint-Eustache, Saint-Nicolas-des-Champs și Mănăstirea Bernardins, în centrul Parisului. Au fost începute din nou în 1840, în timpul renovării urbane de către Louis-Philippe și reconfigurării haussmanniene a orașului din 1859 până în 1860. Situl a fost consacrat ca „Osariu municipal din Paris” la 7 aprilie 1786 și, de atunci, a luat numele mitic de „Catacombe”, cu referire la catacombele romane, care fascinaseră publicul de la descoperirea lor.
Începând din 1809, Catacombele au fost deschise publicului cu programare. La sfârșitul circuitului a fost plasat un registru, unde vizitatorii își puteau scrie impresiile. A fost completată foarte rapid, deoarece aceste vizite au devenit rapid un succes atât cu francezii, cât și cu străinii. Odată cu trecerea anilor, osuarul a devenit locul de odihnă al multor indivizi iluștri. În 1787, contele de Artois, viitorul Carol al X-lea, a vizitat locul în compania unui grup de doamne de la curte; în 1814, Francisc I, împăratul austriac, a făcut un tur acolo; iar în 1860, Napoleon al III-lea a coborât în catacombe cu fiul său.
În secolul al XIX-lea, aranjamentele de vizitare s-au schimbat constant, de la închiderea totală la deschiderile lunare sau trimestriale. Catacombele de la Paris sunt acum deschise tuturor, fără a necesita o autorizație și primesc aproape 550.000 de vizitatori anual.