Coliziuni cu comete și asteroizi
În 1994 Cometa Shoemaker-Levy 9, care fusese descoperită anul anterior, s-a prăbușit în atmosfera lui Jupiter după despărțirea în mai mult de 20 de fragmente. Exploziile succesive au fost observate de telescoapele de pe suprafața Pământului, de telescopul spațial Hubble care orbitează Pământul și de nava spațială Galileo în drum spre Jupiter. Numai Galileo a văzut exploziile direct, deoarece au avut loc în partea din spate a lui Jupiter, așa cum se vede de pe Pământ. Cu toate acestea, bilele de foc produse de cele mai mari fragmente s-au ridicat deasupra membrului planetei, iar petele negre rezultate în straturile de nori ale lui Jupiter erau vizibile chiar și în micile telescoape, pe măsură ce rotația lui Jupiter le-a adus la vedere. Studiile spectroscopice au arătat că impactul a produs sau a livrat multe substanțe chimice, cum ar fi apa, cianura de hidrogen și monoxidul de carbon, substanțe care există pe Jupiter, dar în concentrații mult mai mici. Excesul de monoxid de carbon și cianură de hidrogen a rămas detectabil în atmosfera superioară câțiva ani după eveniment. Pe lângă interesul său intrinsec, coliziunea unei comete cu Jupiter a stimulat studii detaliate ale efectelor pe care le-ar avea impactul cometar asupra Pământului (vezi pericolul impactului Pământului).
În 2009, în jurul polului sud al lui Jupiter a apărut o pată întunecată asemănătoare cu cele lăsate în urmă de fragmentele din cometa Shoemaker-Levy 9. corpul afectat era un singur corp – fie o cometă, fie un asteroid – mai degrabă decât un lanț de fragmente.