Paris-myndigheder valgte et let tilgængeligt sted, der på det tidspunkt lå uden for hovedstaden: de tidligere Tombe-Issoire-stenbrud under Montrouges slette. Disse stenbrud var i drift siden mindst det femtende århundrede og derefter forladt, og var en lille del af labyrinten, der strakte sig over byen over cirka 800 hektar. Forberedelse af stedet og tilrettelæggelsen af overførsler af knogler blev overdraget til Charles Axel Guillaumot, en inspektør ved Department of General Quarry Inspection. Denne afdeling, som blev grundlagt den 4. april 1777 af Louis XVI, var at konsolidere de forladte stenbrud efter store sammenbrud af jorden under Paris i midten af det attende århundrede.
De første evakueringer blev foretaget fra 1785 til 1787 og vedrørte den største kirkegård i Paris, Saints-Innocents kirkegård, som var blevet lukket i 1780 efter sammenhængende brug i næsten ti århundreder. Gravene, almindelige grave og charnelhuset blev tømt for deres knogler, som blev transporteret om natten for at undgå fjendtlige reaktioner fra den parisiske befolkning og kirken. Knoglerne blev dumpet i to stenbrønde og derefter distribueret og stablet ind i gallerierne af stenbrudearbejderne. Overførsler fortsatte efter den franske revolution indtil 1814 med undertrykkelse af parochiale kirkegårde, såsom Saint-Eustache, Saint-Nicolas-des-Champs og Bernardins-klostret, i centrum af Paris. De blev påbegyndt igen i 1840 under byrenovering af Louis-Philippe og den haussmannske omkonfiguration af byen fra 1859 til 1860. Webstedet blev indviet som “Paris Municipal Ossuary” den 7. april 1786 og fra den tid frem overtog det mytiske navn “Katakomber” med henvisning til de romerske katakomber, som havde fascineret offentligheden siden deres opdagelse.
Fra og med 1809 blev katakomberne åbnet for offentligheden efter aftale. Et register blev placeret i slutningen af kredsløbet, hvor besøgende kunne skrive deres indtryk. Det blev udfyldt meget hurtigt, fordi disse besøg hurtigt var blevet en succes med både franskmænd og udlændinge. Efterhånden som årene gik, blev ossuariet hvilested for mange berømte individer. I 1787 besøgte greven af Artois, den fremtidige Charles X, stedet i selskab med en gruppe hofdamer; i 1814 tog Francis I, den østrigske kejser, en tur der; og i 1860 faldt Napoleon III ned i katakomberne med sin søn.
I løbet af det nittende århundrede ændredes besøgsarrangementerne konstant, fra total lukning til månedlige eller kvartalsvise åbninger. Paris-katakomberne er nu åbne for alle uden behov for tilladelse og byder næsten 550.000 besøgende velkommen årligt.