La precaria situación de los Habsburgo españoles, que estaban al borde de la extinción por falta de herederos varones, se manifestó en rumores que el hijo marcó tan desastrosamente por las consecuencias de la endogamia masiva era de hecho una hija que había sido presentada al mundo como un niño por el pánico de que la dinastía hubiera llegado a su fin.
El príncipe fue un espectáculo lamentable, y su débil salud hizo que la familia temiera por su vida. Charles estaba afligido por una fealdad casi extraña; en él, la fisonomía clásica de los Habsburgo – una mandíbula prognathous y un cráneo alargado – fue exagerada hasta un grado casi caricaturesco.
En las creencias supersticiosas de la época, algunos interpretaron su lamentable condición y deformidad física como evidencia brujería. Los intentos fallidos de sus médicos para curarlo iban acompañados de prácticas ocultas y exorcismos realizados por sacerdotes.
En vista de su debilidad (padecía un defecto cardíaco congénito), el príncipe fue tratado con sumo cuidado como un niño. No aprendió a leer y escribir hasta una edad relativamente tardía y fue excluido de cualquier tipo de educación superior, con el resultado de que, como adulto, se mantuvo alejado de los asuntos del gobierno. Su comportamiento estuvo marcado por la imbecilidad y el infantilismo; por ejemplo, le encantaba contar cosas, una actividad de la que obtenía un gran placer y tranquilidad.
La condición real de Charles es difícil de juzgar desde una perspectiva actual. Habría necesitado una guía cuidadosa y concienzuda, algo que la gente que lo rodeaba no pudo proporcionar, ya que varios grupos en la corte tenían un gran interés en un rey débil. Durante toda su vida, Carlos estuvo bajo la influencia cambiante de facciones rivales, que, sin embargo, estaban unidas en sus esfuerzos por instrumentalizar al rey para sus propios fines.
Y Carlos fue realmente fácil de influir: siempre siguió la sugerencias de quienes lo rodeaban, de quienes dependía por completo. Al principio su madre y su consejero, el jesuita y confesor austríaco Johann Eberhard Nithard, y más tarde el primer ministro Fernando Valenzuela, fueron los que más influyeron en el frágil monarca mental. Posteriormente el medio hermano de Carlos, Don Juan José, producto de una relación extramarital entre su padre y la actriz Maria Calderón, se convirtió en una figura importante para él. Sin embargo, Juan José también usó indebidamente al rey como un instrumento para sus ambiciones.
Según la última voluntad de su padre, Felipe IV, se debía declarar que Carlos había alcanzado la mayoría de edad al cumplir los catorce años y asumir la regencia. La madre de Carlos, la reina viuda María Ana, quiso evitar esto, argumentando que su hijo aún no era lo suficientemente maduro ni mental ni físicamente para esta gran responsabilidad. Sin embargo, influenciado por la oposición, Carlos se negó a firmar el acuerdo posponiendo la declaración de su mayoría durante dos años. Fue solo después de la persuasión enérgica de su madre que fue inducido a firmarlo.
Después de alcanzar finalmente la mayoría de edad en 1675, cayó bajo la influencia de su medio hermano Juan José, quien luego de su regreso a La corte del exilio había privado al partido de la reina viuda de su poder y asumió la regencia por la fuerza de las armas.
Don Juan José administró los asuntos de gobierno en nombre de Carlos hasta su muerte en 1679. Fomentó el desarrollo de su hermano débil, y parecía haber alguna mejora. Como parte de su política de acercamiento con Francia, negoció un matrimonio para Carlos con la princesa francesa María Luisa de Orleans.
Tras la repentina muerte de Don Juan José, Carlos volvió a estar bajo la influencia de su madre. La segunda esposa de Carlos, Maria Anna de Palatinado-Neuburg, también influyó en el rey a su favor, y él fue degradado a ser un mero peón en la lucha por el poder entre su madre y su esposa.