Analyse phénotypique et génomique comparative des souches de souris C57BL / 6J et C57BL / 6N

Comparaisons des séquences génomiques de souris C57BL / 6N et C57BL / 6J pour les SNP et les petits indels

Nous avons utilisé l’alignement par paires de C57BL / 6N avec le génome de référence (C57BL / 6J) du 17 Mouse Genomes Project. Cependant, la liste des variantes de différenciation (SNP, petits indels et SV) entre les deux génomes a été nouvellement créée en utilisant de nouvelles procédures intégrées afin d’augmenter la probabilité d’identifier des changements de séquence putatifs précis. Une étape d’analyse clé dans l’identification d’un ensemble de variantes de haute qualité à partir de l’alignement a été d’utiliser la séquence génomique à lecture courte nouvellement générée de C57BL / 6J générée par le Broad Institute. Cela nous a permis d’identifier les erreurs d’assemblage dans la séquence de référence. De plus, nous avons mis à jour la méthode de détection des variantes: premièrement, en utilisant des logiciels différents et / ou plus évolués pour détecter les variantes; deuxièmement, en effectuant une curation manuelle sur toutes les variantes de codage, et troisièmement, par une validation approfondie d’une grande proportion des variantes (y compris toutes les variantes de codage) pour confirmer les prédictions de séquence. Ces étapes ont fourni un ensemble de données robuste de variantes de codage de haute qualité, réduisant considérablement le taux de faux positifs.

Pour identifier les SNP et les petits indels différenciant les souches C57BL / 6J et C57BL / 6N, nous avons utilisé l’appariement- les lectures de fin générées à partir du projet 17 Mouse Genomes. Nous avons appelé les variantes à l’aide de la boîte à outils d’analyse du génome (GATK) et avons trouvé 681 220 variantes qui distinguent les souches C57BL / 6J et C57BL / 6N. En utilisant la séquence génomique à lecture courte de C57BL / 6J générée par le Broad Institute, nous avons pu filtrer les erreurs de séquençage prospectives en supprimant les variantes communes à la séquence Broad C57BL / 6J, neutralisant ainsi les écarts dans la référence tout en améliorant le faux négatif évaluer. Les lectures restantes ont été filtrées avec un rapport d’allèle inférieur à 0,8 (hétérozygote) et couvertes par moins de 3 ou plus de 150 lectures. Ces étapes ont considérablement réduit la liste, résultant en 10 794 variantes putatives qui ont été soumises à des analyses plus approfondies.

En utilisant Sequenom, PyroSequencing et Sanger séquençage, nous avons validé toutes les variantes de codage et un sous-ensemble des variantes non codantes, qui comprenait 762 SNP et 169 petits indels. Les dosages ont été réalisés en utilisant un panel de quatre échantillons C57BL / 6J et quatre C57BL / 6N afin de confirmer les génotypes (voir Matériels et méthodes). Nous avons considéré un variant à valider lorsque les quatre échantillons C57BL / 6J et C57BL / 6N présentaient des génotypes cohérents au sein d’une sous-souche et des variants entre les sous-souches. Au cours du processus de validation, nous avons éliminé 363 variantes pour un certain nombre de raisons, notamment des génotypes hétérozygotes et incohérents et des échecs de PCR. Pour les 568 restants, 236 ont été confirmés comme variant entre les sous-souches (voir le fichier supplémentaire 1, tableau S1).

En utilisant les programmes d’annotation NGS-SNP et Annovar, la localisation génomique et d’autres caractéristiques génétiques ont été examiné. Les variantes de séquence validées finales entre C57BL / 6J et C57BL / 6N se composaient de 34 SNP codants, 2 petits indels codants, 146 SNP non codants et 54 petits indels non codants. Les variantes de codage comprenaient 32 SNP faux-sens, 1 mutation non-sens, 1 mutation d’épissage et 2 mutations de décalage de cadre (tableau 1). Nous avons constaté que toutes les variantes sauf une (Zp2, chromosome 7) étaient privées pour C57BL / 6J ou C57BL / 6N, et n’ont été trouvées dans aucune des 16 autres souches consanguines récemment séquencées.

Comparaisons des séquences génomiques des souris C57BL / 6N et C57BL / 6J pour les variantes structurelles

Encore une fois, en utilisant les lectures appariées générées par le projet 17 Mouse Genomes et une combinaison de quatre calculs méthodes, nous avons identifié 551 SV entre C57BL / 6J et C57BL / 6N. Comme décrit ailleurs, nous avons inspecté visuellement la cartographie des paires à lecture courte à ces 551 sites SV dans les 17 souches consanguines séquencées de souris et dans le génome séquencé Broad J. En faisant cela, nous avons pu conserver 81 des 551 sites pour des analyses expérimentales supplémentaires (470 sites prédits se sont révélés faux en raison d’erreurs de cartographie par paires). Les analyses de séquençage PCR et basées sur Sanger sur ces 81 sites conservés nous ont permis de supprimer 38 autres sites, qui ont été confirmés non polymorphes entre C57BL / 6J et C57BL / 6N en raison d’erreurs de référence. Enfin, les 43 variantes prédites ont été validées en tant que SV authentiques différenciant les souches C57BL / 6J et C57BL / 6N (tableau 2), ce qui a entraîné un taux de faux positifs nul.

Sur les 43 SV, 15 se chevauchent avec un gène (tableau 2), dont 12 variants qui se trouvent dans des régions non codantes des gènes, 2 variants qui affectent la région codante du gène (Vmn2r65 (Vomeronasal 2, récepteur 65) et Nnt (nicotinamide nucléotide transhydrogénase)) et 1 qui affecte l’ensemble du gène Cyp2a22 (cytochrome P450, famille 2, sous-famille a, polypeptide 22). Un seul des 15 variants est connu et a déjà été associé à un phénotype, Nnt; les 14 restants sont nouveaux, et pour plusieurs nous discutons de leurs fonctions biologiques potentielles ci-dessous.

En utilisant le rat comme espèce externe, nous avons ensuite déduit l’origine des 43 SV entre C57BL / 6J et C57BL / 6N, et a constaté que 27 variants étaient le produit de la rétrotransposition, 15 étaient des SV sans médiation répétée et 1 était une répétition en tandem à nombre variable (VNTR) (tableau 2). Remarquablement, presque toutes les variantes étaient privées pour C57BL / 6J ou C57BL / 6N (tableau 2).

Évaluation phénotypique complète des souris C57BL / 6N et C57BL / 6J

En parallèle avec les analyses génomiques, le consortium European Mouse Disease Clinic (EUMODIC) a réalisé une comparaison phénotypique complète des souches C57BL / 6NTac et C57BL / 6J. EUMODIC comprend quatre centres de souris réalisant un phénotypage primaire à large base de 500 lignées knock-out mutantes de souris générées à partir des projets européens de mutagenèse conditionnelle de la souris (EUCOMM) et de Knockout Mouse (KOMP) au sein du programme IKMC. Des cohortes de souris de chaque lignée mutante entrent dans l’évaluation du phénotype de la ressource européenne de phénotypage de souris des écrans standardisés slim (EMPReSSslim), qui consiste en deux pipelines de phénotypage, comprenant ensemble 20 plates-formes de phénotypage (identifiées par un ESLIM__procedure_number) qui sont effectuées de 9 à 15 semaines (voir le fichier supplémentaire 2, figure S1). Les méthodes d’exécution de chaque écran sont détaillées dans les procédures opérationnelles normalisées (SOP) qui se trouvent dans la base de données EMPReSS. Les données ont été acquises sur 413 paramètres phénotypiques ainsi que 146 paramètres de métadonnées, et saisies dans la base de données EuroPhenome. Dans le cadre de ce travail, nous avons capturé des données de contrôle étendues sur le phénotype de base de C57BL / 6NTac. Nous avons également profité de cette occasion pour étudier le phénotype des souris C57BL / 6J et pour le comparer avec C57BL / 6NTac (désormais appelés respectivement J et N).

Pour chaque lignée, N et J, âge -des souris appariées ont été analysées par les deux pipelines EMPReSSslim. Les données ont été acquises auprès des quatre centres du consortium pour 19 des 20 plates-formes du pipeline, à l’exclusion des analyses de tri cellulaire activé par fluorescence (FACS) (voir le fichier supplémentaire 2, figure S1). Les protocoles EMPReSSslim ont été rigoureusement standardisés au sein du consortium EUMODIC; cependant, il subsiste des différences, par exemple dans l’équipement et le régime alimentaire, et cela est capturé dans les ensembles de métadonnées d’EuroPhenome. Il y aura bien sûr d’autres différences environnementales non reconnues entre les centres. Collectivement, ceux-ci peuvent contribuer aux différences gène-environnement et au résultat phénotypique, mais nous n’avons pas cherché à définir systématiquement ces effets, mais plutôt à nous concentrer sur les phénotypes qui sont concordants entre les centres et sont clairement robustes aux perturbations environnementales non reconnues. Les données des cohortes N et J de chaque centre ont été déposées dans EuroPhenome et ont fait l’objet d’une analyse statistique pour chaque centre (voir Matériels et méthodes). Il est important de noter ici que les comparaisons entre N et J ont été effectuées à l’intérieur et non entre les centres. L’analyse statistique des résultats entre les centres n’a pas été effectuée, car les expériences ne pouvaient pas être complètement contrôlées entre les centres en raison de variables environnementales et autres et des différences dans le nombre d’animaux analysés dans chaque centre (voir le fichier supplémentaire 3, figure S2a-d). Nous avons donc choisi d’adopter une approche axée sur les comparaisons de souches au sein des centres individuels plutôt que de générer un modèle statistique multicentrique qui examinait une différence statistique globale entre les deux souches. Cependant, la réplication de la comparaison N et J dans plusieurs centres nous a fourni une puissance supplémentaire pour justifier des différences phénotypiques significatives entre les deux souches. En plus de l’analyse de N et J via le pipeline de phénotypage primaire EMPReSSslim dans les quatre centres, d’autres partenaires du consortium EUMODIC ont appliqué une gamme plus large de tests de phénotypage souvent plus sophistiqués pour recueillir des informations supplémentaires, dont certains explorent plus avant et visent corroborer les différences phénotypiques révélées par EMPReSSslim.

En analysant les données, nous nous sommes d’abord concentrés sur l’identification des paramètres phénotypiques qui montraient une différence cohérente et significative entre N et J dans trois centres ou plus.Nous avons identifié 27 paramètres phénotypiques dans cette classe (Figure 1a; voir Fichier supplémentaire 3, Figure S2a, e). Dans plusieurs cas, ces différences ont été corroborées par des données provenant d’analyses secondaires, et nous en discutons ci-dessous. Nous avons également découvert une deuxième classe de paramètres pour lesquels des tendances similaires ont été observées dans deux centres, mais aucune preuve de tendances n’a été observée dans les deux autres centres (figure 1b; voir le fichier supplémentaire 3, figure S2b, f). Cependant, notre analyse statistique (voir Matériels et méthodes) indique que pour cette classe de paramètres, la signification globale des différences N par rapport à J est faible et les tendances observées doivent être traitées avec prudence. Dans plusieurs de ces cas cependant, les tendances observées sont cohérentes avec les phénotypes trouvés dans la première classe de paramètres. Nous avons également identifié une troisième mais petite classe de paramètres qui présentaient des différences très significatives dans deux centres ou plus (Figure 2; voir Fichier supplémentaire 3, Figure S2d, h), mais de façon inattendue, la tendance opposée dans l’un des centres. Nous discutons les raisons de ces anomalies, qui dans certains cas découlent vraisemblablement d’interactions gène-centre. La classe finale représente un grand nombre de tests dans lesquels nous n’avons observé aucune différence cohérente et significative entre les centres, concluant que ceux-ci sont plus susceptibles d’être des faux positifs plutôt que des preuves de différences N / J (voir le fichier supplémentaire 3, figure S2c , g).

Dysmorphologie et ophtalmologie

Nous n’avons trouvé aucune preuve de différences majeures dans les caractéristiques morphologiques entre N et J, y compris l’analyse aux rayons X du squelette. Cependant, un certain nombre de différences ophtalmologiques entre les deux souches ont été identifiées. L’analyse des fonctions visuelles générales à l’aide du tambour optocinétique virtuel a révélé une vision réduite chez N par rapport aux souris J (N: 0,314 cycle / degré, IC à 95% 0,305 à 0,323, n = 89; J: 0,399 cycles / degré, IC à 95% 0,394 à 0,404, n = 128; p < 0,001, test t de Student). Cela ne reflète pas les différences d’opacités des lentilles, car une analyse quantitative à l’aide d’un appareil photo Scheimpflug a trouvé des lentilles transparentes dans les deux souches (N: 5,2 + 0,5%, n = 10; J: 5,0% + 0,5% d’opacité, n = 10). Des taches blanches ont été observées dans le fond de N souris à une fréquence élevée, qui étaient absentes chez les souris J ( Cela est probablement dû à la présence de la mutation Crb1rd8 chez les souris N, comme indiqué précédemment, bien que dans notre cas, les taches aient été observées uniquement dans la rétine ventrale, avec des variations de la taille des taches et de la zone affectée entre les souris (figure 3A) Des études complémentaires utilisant l’endoscopie topique du fond d’œil ont montré que le nombre de vaisseaux principaux était variable, variant entre trois et sept pour les veines et trois et eig ht pour les artères (figure 3B), et une souris donnée pourrait avoir des nombres non correspondants entre les deux yeux. Le nombre moyen de veines et d’artères était significativement plus élevé (P < 0,001) chez J que chez N souris (Figure 3C).

Cardiovasculaire

Les mesures non invasives de la pression artérielle (ESLIM_002) ont montré que la pression artérielle systolique était significativement plus élevée chez les souris J que chez les souris N, bien que l’importance de l’effet soit variable selon les sexes et entre les centres. De plus, tous les centres ont observé que la fréquence du pouls était significativement plus élevée chez les souris N que chez les souris J.Cependant, un partenaire secondaire du consortium a constaté que la fréquence cardiaque sous anesthésie était significativement plus faible chez les souris mâles N que chez les souris mâles J, ce qui se traduit par un long intervalle inter-battement (RR) et QTc. Nous avons également constaté que le poids du cœur normalisé à la longueur du tibia (ESLIM_020) était significativement plus faible chez les souris N que chez les souris J dans deux des centres, et ces résultats ont été confirmés indépendamment par une analyse secondaire. D’autres études de la structure et de la fonction cardiaques par échocardiographie et de la fonction contractile cardiaque par hémodynamique n’ont révélé aucune différence entre N et J (données non présentées).

Métabolisme

Pour les mesures de calorimétrie indirecte des souris nourries librement (ESLIM_003), nous avons trouvé une différence cohérente entre N et J pour la consommation d’O2, la production de CO2 et la production de chaleur. Les souris J ont montré une réduction des échanges gazeux et une dépense énergétique plus faible (production de chaleur ou taux métabolique) par rapport à N, qui était généralement plus marquée chez les femelles. Dans le phénotypage secondaire avec calorimétrie indirecte à jeun, il y avait une tendance à une dépense énergétique plus faible en J par rapport à N pendant la période nocturne. Ceci était peut-être associé à une diminution de l’activité ambulatoire en J et à une prise alimentaire plus faible en J par rapport à N pendant la période nocturne, en particulier lors de la ré-alimentation (données non présentées). Il n’y avait pas de différence constante dans l’activité de l’écran de calorimétrie libre (ESLIM_003) dans les deux centres où l’activité a été mesurée (voir le fichier supplémentaire 3, figure S2c, g). Les tests de tolérance au glucose intrapéritonéal simplifiés (IPGTT) (ESLIM_004) ont montré une tolérance au glucose altérée chez les souris J par rapport à N souris. Ces observations sur le métabolisme du glucose sont cohérentes avec la suppression connue du gène Nnt spécifique aux souris J, qui joue un rôle dans la régulation de la réponse insulinique dans les cellules bêta pancréatiques.

Double énergie X – des mesures de composition corporelle par absorptiométrie (DEXA) et de densitométrie osseuse (ESLIM_005) ont montré que N souris ont une masse grasse accrue (à la fois absolue et normalisée au poids). En outre, les mesures DEXA ont indiqué que les souris J avaient une masse maigre accrue par rapport à N. Dans deux des centres, les mesures de densité minérale osseuse étaient plus élevées chez les souris mâles J; cependant, ce résultat n’a pas été reproduit dans le troisième centre qui a entrepris des écrans DEXA. Nous avons procédé à une analyse par tomodensitométrie (μCT) des deux souches (figure 4) et constaté que l’épaisseur corticale, la porosité corticale et le volume de l’os trabéculaire étaient inchangés entre N et J.En outre, l’analyse de diverses micro-architectures les paramètres ont indiqué que le réseau trabéculaire global était similaire. Enfin, la mesure de la formation osseuse et des marqueurs de résorption n’a révélé aucune différence entre les deux souches (Figure 4).

Neurologique, comportemental et sensoriel

Deux centres ont montré des différences majeures et cohérentes entre N et J dans l’activité en plein champ (ESLIM_007) (Figure 2), y compris une activité plus élevée chez les souris J mesurée par la distance parcourue, et un nombre plus élevé d’entrées centrales, indiquant une anxiété réduite. Ces différences sont en accord avec les données rapportées récemment sur une comparaison comportementale de N et J. Fait intéressant, les effets les plus importants se sont limités aux hommes dans les deux centres. De manière inattendue, dans un troisième centre, l’inverse a été observé, N souris étant plus actives que J, bien que ces effets aient été observés à la fois chez les mâles et les femelles. Un quatrième centre n’a pas détecté ces effets, ne trouvant aucune différence significative. Les centres ont tous utilisé le SOP EMPReSSslim pour la procédure, qui comprenait une exigence pour des arènes de taille similaire, mais il y avait quelques différences opérationnelles entre les centres, y compris l’utilisation de pièces simples ou multiples pour abriter les arénas; arènes à faces transparentes ou à faces opaques; et l’absence ou la présence d’enrichissement environnemental dans les cages domestiques (ce qui est connu pour avoir un effet sur les résultats comportementaux). Cependant, aucune de ces variables ne correspondait aux différences d’observations entre les centres.Cependant, nous ne pouvons pas exclure les influences du microbiome intestinal, qui pourraient différer d’un centre à l’autre. Le microbiome intestinal est connu pour influencer la fonction et le comportement du système nerveux central, principalement à travers l’axe hypothalamo-hypophyso-surrénalien. Nous concluons que dans certaines conditions, des différences significatives dans les paramètres de champ ouvert entre N et J peuvent être observées, mais la nature de ces différences est sensible à des conditions environnementales inconnues. Il est intéressant de noter que la principale conclusion contradictoire dans les phénotypes N versus J a été confinée à une plate-forme de phénotypage comportemental. En revanche, pour la plupart des autres tests (mis à part quelques paramètres hématologiques et de chimie clinique, voir ci-dessous), nous n’avons pas trouvé d’incohérences, indiquant que contrairement à la plupart des plates-formes de phénotypage, les analyses comportementales peuvent être extrêmement sensibles aux paramètres environnementaux.

Nous avons également réalisé un test de transition clair / sombre pour comparer l’anxiété dans les souches N et J (Figure 5). Nous n’avons trouvé aucune différence significative entre les souris N et J dans le nombre de transitions lumière-obscurité ou dans le pourcentage de temps passé dans le compartiment sombre. Cependant, la latence pour entrer dans le compartiment sombre était significativement plus élevée chez les souris N. Les tests SHIRPA modifiés (SmithKline Beecham, Harwell, Imperial College, Royal London Hospital, Phenotype Assessment) (ESLIM_008, Figure 1a) dans les quatre centres ont indiqué que les souris mâles J avaient une activité locomotrice significativement accrue, ce qui était en corrélation avec les résultats de l’augmentation de la distance parcourue dans des tests en plein champ dans certains centres (voir ci-dessus).

Nous avons effectué un certain nombre de tests qui reflètent la capacité motrice. Des différences de force de préhension (ESLIM_009) ont été observées dans tous les centres, J étant supérieur à N, mais les paramètres affectés étaient différents, certains centres rapportant des différences dans la force de préhension des membres antérieurs et d’autres pour la force de préhension des membres antérieurs et postérieurs combinés (Figure 1a , b). Les tests Rotarod (ESLIM_010) ont montré des différences significatives de latence dans tous les centres, bien que la capacité motrice réduite de N n’ait été observée que pour les femmes dans deux des centres. Nous avons exploré en outre les capacités motrices chez les souris mâles N et J en examinant les performances d’apprentissage moteur sur le rotarod sur 4 jours (Figure 5). Alors que les performances motrices des souris J se sont nettement améliorées du jour 1 au jour 2, les performances des souris N ne se sont améliorées que progressivement et étaient significativement différentes des mesures du jour 1 uniquement à partir du jour 3 (P < 0,05) et plus. De plus, du jour 2 au jour 4, il y avait des différences très significatives dans la latence pour tomber entre N et J.Les tests primaires effectués dans les centres ont ainsi découvert une réduction potentielle des performances du moteur dans N qui a été confirmée et élaborée par des tests plus sophistiqués des performances d’apprentissage moteur.

Nous avons également effectué deux tests comportementaux supplémentaires pour approfondir les différences N contre J. Tout d’abord, nous avons comparé les performances de N et J dans le test du labyrinthe d’eau de Morris utilisé pour évaluer la mémoire spatiale. Les souris mâles N ont montré des performances très significativement réduites (latence plus élevée) par rapport aux souris mâles J (figure 6). Deuxièmement, nous avons examiné l’apprentissage émotionnel ou la mémoire pour un événement aversif en utilisant les tests de conditionnement d’indices et de conditionnement de peur contextuels; cependant, nous n’avons trouvé ici aucune différence significative entre les deux souches (données non présentées).

L’exploration du sursaut acoustique et de l’inhibition de pré-impulsion (ESLIM_011) (Figure 1a) dans les deux souches a identifié une variété de paramètres qui étaient sensiblement et systématiquement différentes d’un centre à l’autre. La magnitude du sursaut acoustique à 110 dB et la magnitude de la réponse du sursaut à la pré-impulsion et à l’impulsion (PP1-PP4 + impulsion, voir EMPReSSslim) étaient réduites en N par rapport à J, bien que cet effet n’ait pas été observé chez les femmes dans un centre. Conformément à ces observations, nous avons constaté que l’inhibition pré-impulsion différait entre N et J, avec une inhibition pré-impulsion à PP2 et PP3 et une inhibition globale augmentée dans N par rapport à J. un ou deux centres (Figure 1b; voir Fichier supplémentaire 3, Figure S2b, f) mais aucune différence n’a été observée dans les autres centres. Les observations sur l’ampleur du sursaut n’ont pas été confondues par les différences d’audition, car nous avons évalué les seuils auditifs chez les souris J et N à l’aide du test de réponse auditive du tronc cérébral et n’avons trouvé aucune différence (données non présentées).

Chimie clinique

De vastes panels de tests de chimie clinique ont été réalisés sur des échantillons de plasma prélevés à la fin de chaque pipeline de phénotypage. L’échantillon de sang à la fin du pipeline 1 (ESLIM_021) a été prélevé après un jeûne d’une nuit, tandis que l’échantillon à la fin du pipeline 2 (ESLIM_015) provenait d’un animal nourri en liberté.Les données concordant d’au moins trois centres ont montré que l’urée et les électrolytes sodium, potassium et chlorure étaient significativement plus élevés dans le plasma des souris J par rapport aux souris N (figure 1a), bien qu’il y ait eu des interactions claires entre les centres sexuels. Les données sur les taux de glucose plasmatique nourris librement et à jeun ont indiqué que pour chaque test, au moins deux centres ont trouvé que les taux de glucose plasmatique étaient plus élevés chez les souris N que chez les souris J (figure 1b). Cependant, les niveaux de glucose sanguin sont connus pour être affectés par la manipulation des animaux, le traitement des échantillons et l’utilisation d’anesthésiques. Les données présentées ici proviennent toutes d’échantillons collectés sous anesthésique gazeux à l’isofluorane, à l’exception d’un centre dans lequel des échantillons ont été collectés sous injection de kétamine / xylazine (voir figure 1). Comme discuté ci-dessus, en raison de leur altération connue de la sécrétion d’insuline, il semble contradictoire pour les souris J d’avoir des niveaux de glucose plasmatique inférieurs à ceux des souris N, mais la suppression de Nnt semble affecter uniquement les taux de clairance du glucose et les souris J à jeun ou non stimulées ne souffrez pas d’hyperglycémie constante. Plusieurs autres paramètres se sont avérés être plus élevés chez les souris J que chez N dans au moins deux centres, mais dans chaque cas, les autres centres n’ont signalé aucune différence significative dans les mêmes paramètres (figure 1b), par exemple, les acides gras libres. Deux centres ont constaté que le fer était significativement plus élevé chez les hommes N et que la phosphatase alcaline était significativement plus élevée chez les hommes J. L’un de ces centres a également constaté la même chose chez les femmes (figure 2). Cependant, les données pour chacun de ces paramètres d’un troisième centre contredisent ces résultats.

Hématologie

Différents paramètres hématologiques ont été mesurés à la fin du Pipeline 2 (ESLIM_016). Des changements significatifs dans un certain nombre de paramètres ont été trouvés par deux centres, mais ces résultats n’ont pas été répliqués dans les autres, y compris le nombre de globules blancs et rouges, le volume moyen des cellules et l’hémoglobine corpusculaire moyenne (figure 1b). Des résultats contradictoires ont été obtenus pour l’hématocrite et les tests de concentration moyenne d’hémoglobine cellulaire (Figure 2). Dans chaque cas, les données de deux centres concordaient alors qu’un troisième centre montrait l’effet inverse. Cela pourrait être dû aux différentes technologies de machines utilisées pour les mesures hématologiques dans les cliniques participantes, comme indiqué dans les métadonnées.

Fonction immunitaire et allergie

Nous avons étudié un certain nombre de phénotypes secondaires y compris la résistance de l’hôte à Listeria monocytogenes dans les souches J et N. Les femelles des deux souches étaient plus sensibles à l’infection à L. monocytogenes; cependant, la différence entre les sexes dans la sensibilité de l’hôte Listeria était moins prononcée chez N que chez J. Les mâles de la souche N présentaient une clairance accrue de Listeria au jour 4 après l’infection par rapport aux mâles J. Cela est en corrélation avec une réponse pro-inflammatoire accrue chez N hommes au jour 3 après l’infection par rapport aux hommes J (Figure 7).

Nous avons également testé des souris N et J pour hypersensibilité de contact (CHS) induite par le dinitrofluorobenzène (DNFB). Des différences significatives dans la réponse CHS ont été identifiées entre les deux souches de souris, J montrant une réponse CHS accrue. De manière notable, les souris femelles des deux souches ont montré un CHS accru par rapport aux souris mâles. L’étude de la réactivité des cellules tueuses naturelles (NK) à divers stimuli a montré qu’une plus grande fraction de cellules NK sont activées par l’interleukine (IL) -12 seule ou en combinaison avec IL-2 dans J par rapport à N souris; encore une fois, cette réponse était plus significative chez les femmes (figure 8).