Les complications comprennent le « syndrome de ballonnement gazeux », la dysphagie (difficulté à avaler), le syndrome de dumping, les cicatrices excessives, les lésions du nerf vague et, rarement, l’achalasie. La fundoplicature peut également se défaire avec le temps dans environ 5 à 10% des cas, entraînant une récidive des symptômes. Si les symptômes justifient une chirurgie répétée, le chirurgien peut utiliser Marlex ou une autre forme de treillis artificiel pour renforcer la connexion. Le syndrome du côlon irritable postopératoire, qui dure environ 2 semaines, est possible.
Dans le «syndrome de ballonnement gazeux», la fundoplicature peut altérer la capacité mécanique de l’estomac à éliminer l’air avalé par éructations, conduisant à une accumulation de gaz dans l’estomac ou l’intestin grêle. Les données varient, mais un certain degré de ballonnement de gaz peut survenir chez jusqu’à 41% des patients Nissen, alors que la fréquence est moindre chez les patients subissant une fundoplicature antérieure partielle. Le syndrome de ballonnement gazeux est généralement autolimitant dans les 2 à 4 semaines, mais il peut persister chez certains. Le gaz incriminé peut également provenir de sources alimentaires (en particulier de boissons gazeuses) ou de l’ingestion involontaire d’air (aérophagie). Si le syndrome de gonflement gazeux postopératoire ne se résout pas avec le temps, des restrictions alimentaires, des conseils concernant l’aérophagie et une correction – soit par dilatation endoscopique du ballonnet ou répétition d’une chirurgie pour réviser la fundoplicature de Nissen en une fundoplicature partielle – peuvent être nécessaires.
Les vomissements sont parfois impossibles ou, sinon, très douloureux après une fundoplicature, la probabilité de cette complication diminuant généralement dans les mois suivant la chirurgie. Dans certains cas, le but de cette opération est de corriger les vomissements excessifs. Au départ, les vomissements sont impossibles; cependant, de petites quantités de vomi peuvent être produites après que l’enveloppe se stabilise au fil du temps, et dans des cas extrêmes tels qu’une intoxication alcoolique ou alimentaire, le patient peut être capable de vomir librement avec une certaine douleur.