O consulado dos Estados Unidos foi inaugurado em 1844 na Cidade Velha, dentro do Portão de Jaffa, onde hoje é o Centro de Estudos Cristãos Suecos. No final do século 19, o consulado mudou-se para um local na Rua dos Profetas. Em 1912, mudou-se para a rua Gershon Agron, na atual Jerusalém Ocidental. O edifício principal, uma das primeiras casas construídas fora das muralhas da Cidade Velha, foi construído em 1868 por Ferdinand Vester, um missionário luterano alemão. Uma terceira história foi adicionada mais tarde. Em 23 de maio de 1948, o Cônsul Geral, Thomas C. Wasson, foi assassinado. Em 1952, o consulado alugou outro prédio em Nablus Road, Jerusalém Oriental.
Trump Administration e fusão com US EmbassyEdit
Em 14 de maio de 2018, a nova embaixada dos Estados Unidos em Jerusalém foi inaugurada em uma pequena parte do site de Arnona do consulado geral de Jerusalém, e agora é a nova missão diplomática dos Estados Unidos da América para o Estado de Israel, substituindo a antiga embaixada dos Estados Unidos em Tel Aviv. Dos 1.000 funcionários da embaixada de Tel Aviv, cerca de 50 foram transferidos para operar a nova embaixada.
O Consulado Geral continuará a operar como uma missão independente a partir de seu local histórico na Estrada Agron. A abertura da nova embaixada coincide com o dia mais sangrento dos protestos na fronteira de Gaza em 2018, com a morte de mais de 40 manifestantes palestinos. A inauguração também coincide com o 70º aniversário de Israel como uma nação nesta era moderna.
Em 18 de outubro de 2018, o Secretário de Estado dos Estados Unidos, Mike Pompeo, anunciou que os Estados Unidos fariam uma fusão com o Consulado Geral dos Estados Unidos com a recém-realocada Embaixada dos EUA em Jerusalém em uma única missão. Pompeo também anunciou que os EUA continuariam a conduzir suas reportagens, divulgação e programa nos Territórios Palestinos por meio de uma nova Unidade de Assuntos Palestinos dentro da Embaixada dos EUA em Jerusalém. Esta unidade irá operar a partir do site da Estrada Agron em Jerusalém. Embora o anúncio tenha sido bem recebido pelo governo israelense, as autoridades palestinas acusaram a administração Trump de apoiar a reivindicação de Israel a Jerusalém.
Em 19 de fevereiro de 2019, foi relatado que o Consulado Geral dos Estados Unidos se fundiria com o Embaixada dos EUA em março de 2019. Em 4 de março de 2019, o Consulado-Geral deixou de operar e foi incorporado à Embaixada dos EUA; encerrando a prática dos EUA de ter missões diplomáticas separadas para israelenses e palestinos. Edifício da Estrada Agron do antigo Consulado-Geral será renomeada para Unidade de Assuntos Palestinos, que desempenhará muitas das funções do antigo Consulado-Geral. A última Cônsul-Geral foi Karen Sasahara.
Em resposta à fusão do Consulado-Geral no A Embaixada dos Estados Unidos, Saeb Erekat, o secretário-geral do Comitê Executivo da OLP instou a comunidade internacional a boicotar a nova Unidade de Assuntos Palestinos. Enquanto isso, o membro do Comitê Executivo Hanan Ashrawi pediu o fechamento do Consulado e General “um ataque aos direitos e identidade palestinos”.