As complicações incluem “síndrome do aumento de gases”, disfagia (dificuldade para engolir), síndrome de dumping, cicatriz excessiva, lesão do nervo vago e, raramente, acalasia. A fundoplicatura também pode ser desfeita com o tempo em cerca de 5 a 10% dos casos, levando à recorrência dos sintomas. Se os sintomas justificarem uma nova cirurgia, o cirurgião pode usar Marlex ou outra forma de malha artificial para fortalecer a conexão. A síndrome do intestino irritável pós-operatório, que dura cerca de 2 semanas, é possível.
Na “síndrome do inchaço por gás”, a fundoplicatura pode alterar a capacidade mecânica do estômago de eliminar o ar engolido por arrotos, levando a um acúmulo de gases no estômago ou intestino delgado. Os dados variam, mas algum grau de inchaço por gás pode ocorrer em até 41% dos pacientes com Nissen, enquanto a ocorrência é menor em pacientes submetidos à fundoplicatura anterior parcial. A síndrome do aumento de gás geralmente é autolimitada em 2 a 4 semanas, mas em alguns casos pode persistir. O gás agressor também pode vir de fontes dietéticas (especialmente bebidas carbonatadas) ou da ingestão involuntária de ar (aerofagia). Se a síndrome pós-operatória de inchaço por gás não se resolver com o tempo, podem ser necessários restrições dietéticas, aconselhamento sobre aerofagia e correção – seja por dilatação endoscópica com balão ou repetir a cirurgia para revisar a fundoplicatura de Nissen para uma fundoplicatura parcial.
Às vezes, o vômito é impossível ou, se não, muito dolorido após uma fundoplicatura, com a probabilidade dessa complicação geralmente diminuindo nos meses após a cirurgia. Em alguns casos, o objetivo desta operação é corrigir o vômito excessivo. Inicialmente, o vômito é impossível; no entanto, pequenas quantidades de vômito podem ser produzidas depois que o envoltório se acomoda ao longo do tempo e, em casos extremos, como intoxicação por álcool ou intoxicação alimentar, o paciente pode vomitar livremente com um pouco de dor.