Morales entrevistando Jill Biden na Casa Branca em 2016.
Após a faculdade, Morales trabalhou no Chase Bank antes de seguir a carreira de jornalista. Ela começou sua carreira no ar no News 12 – The Bronx como a primeira âncora matinal no News 12 – o primeiro diretor de notícias do Bronx, Roberto Soto, e os diretores de estúdio originais Tom D’Elia, Brian Webb, Darryl Stith e David Rein . Ela também atuou como operadora de câmera, editora e produtora dessa rede.
Morales passou a servir como âncora / repórter e co-âncora matinal na WVIT-TV em Hartford, Connecticut, onde ela relatou sobre os tiroteios de Columbine, o furacão Floyd, a eleição presidencial de 2000 e os ataques de 11 de setembro de 2001. Ela também co-apresentou e relatou para o documentário indicado ao Emmy, Save Our Sound, uma produção conjunta com a WNBC sobre a preservação de Long Island Som. Em 1999, ela foi eleita uma das 50 latinas mais influentes por sua cobertura de notícias e reportagens no jornal diário hispânico El Diario La Prensa. Anteriormente, Morales passou dois anos trabalhando nos bastidores da Court TV.
Morales foi âncora e correspondente da MSNBC de 2002 a 200 6. Ela cobriu uma série de notícias importantes lá, incluindo a eleição presidencial de 2004, os Jogos Olímpicos de Verão de 2004 em Atenas, Grécia, o abuso de prisioneiros iraquianos, a Operação Liberdade do Iraque, o desastre do ônibus espacial Columbia, o apagão do nordeste de 2003, a Beltway de 2002 ataques de franco-atiradores e a investigação e julgamento de Scott Peterson. Além disso, ela foi nomeada uma das Top Trendsetters da Hispanic Magazine de 2003.
Morales juntou-se ao programa Today em 2006 como correspondente nacional e foi nomeada co-âncora da terceira hora do programa em março de 2008. Em 9 de maio de 2011, foi anunciado que Morales substituiria Ann Curry como âncora do Today, quando Curry sucedeu Meredith Vieira como apresentador do Today em junho de 2011. Em 2016 foi anunciado que Morales se mudaria para o oeste para hospedar o Access e torne-se o Today Show West Anchor. Em 2019, Morales deixou de hospedar o Access e permaneceu como âncora do Today Show West Coast.