Colisões com cometas e asteróides
Em 1994, o cometa Shoemaker-Levy 9, descoberto no ano anterior, caiu na atmosfera de Júpiter depois de quebrar em mais de 20 fragmentos. As sucessivas explosões foram observadas por telescópios na superfície da Terra, o Telescópio Espacial Hubble em órbita da Terra e a espaçonave Galileo a caminho de Júpiter. Apenas Galileu viu as explosões diretamente porque ocorreram na parte de trás de Júpiter, visto da Terra. No entanto, as bolas de fogo produzidas pelos maiores fragmentos subiram acima do limbo do planeta, e as manchas pretas resultantes nas camadas de nuvens de Júpiter eram visíveis mesmo em pequenos telescópios quando a rotação de Júpiter os trouxe à vista. Estudos espectroscópicos revelaram que os impactos produziram ou distribuíram muitos produtos químicos, como água, cianeto de hidrogênio e monóxido de carbono, substâncias que existem em Júpiter, mas em concentrações muito menores. O excesso de monóxido de carbono e cianeto de hidrogênio permaneceram detectáveis na alta atmosfera vários anos após o evento. Além de seu interesse intrínseco, a colisão de um cometa com Júpiter estimulou estudos detalhados dos efeitos que os impactos cometários teriam na Terra (ver perigo de impacto na Terra).
Em 2009, uma mancha escura semelhante às deixadas pelos fragmentos do cometa Shoemaker-Levy 9 apareceu perto do pólo sul de Júpiter. Como apenas uma mancha foi vista, acreditava-se que o corpo impactante era um único corpo – um cometa ou um asteróide – em vez de uma cadeia de fragmentos.