La situation précaire des Habsbourg espagnols, au bord de l’extinction en raison du manque d’héritiers mâles, s’est manifestée par des rumeurs que le fils a marqué de manière si désastreuse par les conséquences de la consanguinité massive était en fait une fille qui avait été présentée au monde comme un garçon de panique que la dynastie était à la fin.
Le prince était un spectacle triste, et sa santé faible a fait craindre à la famille pour sa vie. Charles était affligé d’une laideur presque bizarre; en lui, la physionomie classique des Habsbourg – une mâchoire prognathe et un crâne allongé – était exagérée à un degré presque caricatural.
Dans les croyances superstitieuses de l’époque, son état pitoyable et sa déformation physique ont été interprétés par certains comme des preuves de ensorcellement. Les tentatives avortées faites pour le guérir par ses médecins étaient accompagnées de pratiques occultes et d’exorcismes exécutés par des prêtres.
Compte tenu de sa faiblesse (il souffrait d’une malformation cardiaque congénitale), le prince a été traité avec un soin extrême car un enfant. Il n’a appris à lire et à écrire qu’à un âge relativement tardif et a été exclu de tout type d’enseignement supérieur, de sorte qu’en tant qu’adulte, il était tenu à l’écart des affaires du gouvernement. Son comportement était marqué par l’imbécillité et l’infantilisme; par exemple, il aimait compter les choses, une activité dont il tirait beaucoup de plaisir et de réconfort.
L’état actuel de Charles est difficile à juger d’un point de vue actuel. Il aurait eu besoin de conseils soigneux et consciencieux, ce que les gens autour de lui n’ont pas réussi à fournir, car divers groupements à la cour avaient un grand intérêt pour un roi faible. Toute sa vie, Charles fut sous l’influence changeante de factions rivales, qui étaient cependant unies dans leurs efforts pour instrumentaliser le roi à leurs propres fins.
Et Charles était en effet facile à influencer: il suivait toujours le suggestions de ceux qui l’entouraient, dont il dépendait totalement. Au début, sa mère et son conseiller, le jésuite et confesseur autrichien Johann Eberhard Nithard, puis le premier ministre Fernando Valenzuela, ont eu la plus grande influence sur le monarque mentalement fragile. Plus tard, le demi-frère de Charles, Don Juan José, fruit d’une liaison extra-conjugale entre son père et l’actrice Maria Calderón, devint une figure importante pour lui. Cependant, Juan José a également abusé du roi comme instrument de ses ambitions.
Selon la dernière volonté de son père, Philippe IV, Charles devait être déclaré avoir atteint sa majorité à l’âge de quatorze ans et assumer la régence. La mère de Charles, la reine douairière Maria Anna, a voulu empêcher cela, arguant que son fils n’était pas encore assez mûr mentalement ou physiquement pour cette grande responsabilité. Influencé par l’opposition, cependant, Charles a refusé d’apposer sa signature sur l’accord reportant de deux ans la déclaration de sa majorité. Ce n’est qu’après avoir été persuadé par sa mère qu’il a été amené à le signer.
Après avoir finalement atteint sa majorité en 1675, il est tombé sous l’influence de son demi-frère Juan José, qui après son retour en la cour d’exil avait privé le parti de la reine douairière de son pouvoir et assumé la régence par la force des armes.
Don Juan José administra les affaires du gouvernement au nom de Charles jusqu’à sa mort en 1679. Il encouragea le développement de son frère faible, et il semblait y avoir une amélioration. Dans le cadre de sa politique de rapprochement avec la France, il a négocié un mariage pour Charles avec la princesse française Marie Louise d’Orléans.
Suite à la mort subite de Don Juan José, Charles est de nouveau sous l’influence de sa mère. La deuxième épouse de Charles, Maria Anna de Palatinat-Neuburg, a également influencé le roi en sa faveur, et il a été dégradé pour être un simple pion dans la lutte pour le pouvoir entre sa mère et sa femme.