Articolo Lo stato fondamentale e l’evoluzione della direzionalità della regione del promotore

Le regioni del promotore eucariotico sono spesso trascritte in modo divergente in vivo, ma non è noto se gli RNA antisenso risultanti siano un sottoprodotto meccanicistico della trascrizione della RNA polimerasi II (Pol II) o biologicamente significativo. Qui, utilizziamo un approccio evolutivo funzionale che coinvolge la mappatura del trascritto nascente in ceppi di S. cerevisiae contenenti DNA di lievito estraneo. Le regioni promotrici in ambienti stranieri perdono la direzionalità che hanno nelle loro specie native. Sorprendentemente, le regioni promotrici fortuite che sorgono nel DNA estraneo producono la stessa trascrizione in entrambe le direzioni, indicando che la trascrizione divergente è una caratteristica meccanicistica che non implica una funzione per queste trascrizioni. Regioni promotori fortuite che si verificano durante l’evoluzione promuovono la trascrizione bidirezionale e nel tempo vengono eliminate tramite mutazione o mantenute per consentire nuove funzionalità. Allo stesso modo, la trascrizione umana è più bidirezionale nelle regioni di potenziatori e promotori di nuova evoluzione. Pertanto, le regioni del promotore sono intrinsecamente bidirezionali e sono modellate dall’evoluzione per polarizzare la trascrizione verso la codifica rispetto agli RNA non codificanti.