A situação precária dos Habsburgos espanhóis, que estavam à beira da extinção devido à falta de herdeiros do sexo masculino, manifestou-se em rumores que o filho marcou de forma desastrosa pelas consequências da consanguinidade maciça estava na verdade uma filha que foi apresentada ao mundo como um menino devido ao pânico de que a dinastia estava no fim.
O príncipe era um espetáculo lamentável e sua saúde debilitada fez a família temer por sua vida. Charles sofria de uma feiura quase bizarra; nele a fisionomia clássica dos Habsburgos – uma mandíbula prognata e um crânio alongado – era exagerada a um grau quase caricatural.
Nas crenças supersticiosas da época, sua condição lamentável e deformidade física foram interpretadas por alguns como evidências de feitiço. As tentativas abortivas feitas por seus médicos para curá-lo foram acompanhadas de práticas ocultas e exorcismos realizados por padres.
Em vista de sua fraqueza (ele sofria de um defeito cardíaco congênito), o príncipe foi tratado com extremo cuidado, pois uma criança. Ele não aprendeu a ler e a escrever até uma idade relativamente avançada e foi excluído de qualquer tipo de ensino superior, com o resultado de que, como adulto, foi mantido afastado dos assuntos do governo. Seu comportamento foi marcado pela imbecilidade e infantilismo; por exemplo, ele adorava contar coisas, uma atividade da qual tirava grande prazer e garantia.
A condição real de Charles é difícil de julgar de uma perspectiva atual. Ele precisaria de orientação cuidadosa e conscienciosa, algo que as pessoas ao seu redor não conseguiam fornecer, visto que vários grupos na corte tinham grande interesse em um rei fraco. Durante toda a sua vida, Carlos esteve sob a influência mutável de facções rivais, que estavam, no entanto, unidas em seus esforços para instrumentalizar o rei para seus próprios propósitos.
E Carlos era de fato fácil de influenciar: ele sempre seguiu os sugestões daqueles ao seu redor, de quem ele era completamente dependente. A princípio, sua mãe e seu conselheiro, o jesuíta e confessor austríaco Johann Eberhard Nithard, e mais tarde o primeiro-ministro Fernando Valenzuela, tiveram a maior influência sobre o monarca mentalmente frágil. Mais tarde, o meio-irmão de Charles, Don Juan José, produto de uma ligação extraconjugal entre seu pai e a atriz Maria Calderón, tornou-se uma figura importante para ele. No entanto, Juan José também usou mal o rei como um instrumento para suas ambições.
De acordo com a última vontade de seu pai, Filipe IV, Carlos deveria ser declarado ter atingido a maioridade ao completar quatorze anos e assumir a regência. A mãe de Charles, a rainha viúva Maria Anna, queria evitar isso, argumentando que seu filho ainda não era mentalmente ou fisicamente maduro o suficiente para essa grande responsabilidade. Influenciado pela oposição, no entanto, Carlos se recusou a assinar o acordo que adiava a declaração de sua maioria por dois anos. Foi somente após forte persuasão de sua mãe que ele foi induzido a assiná-lo.
Depois de atingir a maioridade em 1675, ele ficou sob a influência de seu meio-irmão Juan José, que após seu retorno a a corte do exílio privou o partido da rainha viúva de seu poder e assumiu a regência pela força das armas.
Don Juan José administrou os assuntos do governo em nome de Carlos até sua morte em 1679. Ele encorajou o desenvolvimento de seu irmão fraco, e parecia haver alguma melhora. Como parte de sua política de reaproximação com a França, ele negociou o casamento de Charles com a princesa francesa Marie Louise de Orléans.
Após a morte repentina de Don Juan José, Charles novamente ficou sob a influência de sua mãe. A segunda esposa de Carlos, Maria Anna do Palatinado-Neuburg, também influenciou o rei a seu favor, e ele foi degradado a ser um mero peão na luta pelo poder entre sua mãe e sua esposa.