As autoridades de Paris escolheram um local de fácil acesso que estava, na época, localizado fora da capital: as antigas pedreiras de Tombe-Issoire sob a planície de Montrouge. Em operação desde pelo menos o século XV e depois abandonada, essas pedreiras eram uma pequena parte do labirinto que se estendia sob a cidade por cerca de 800 hectares. A preparação do local e a organização das transferências ósseas foram confiadas a Charles Axel Guillaumot, inspetor do Departamento de Inspeção Geral de Pedreiras. A missão deste departamento, fundado em 4 de abril de 1777, por Luís XVI, era consolidar as pedreiras abandonadas após os grandes desabamentos do solo sob Paris em meados do século XVIII.
As primeiras evacuações foram feitas de 1785 a 1787 e diziam respeito ao maior cemitério de Paris, o cemitério dos Santos-Inocentes, que havia sido fechado em 1780 após uso consecutivo por quase dez séculos. Os túmulos, valas comuns e cemitério foram esvaziados de seus ossos, que foram transportados à noite para evitar reações hostis da população parisiense e da Igreja. Os ossos foram despejados em dois poços da pedreira e depois distribuídos e empilhados nas galerias pelos trabalhadores da pedreira. As transferências continuaram após a Revolução Francesa até 1814, com a supressão de cemitérios paroquiais, como Saint-Eustache, Saint-Nicolas-des-Champs e o Convento Bernardins, no centro de Paris. Eles foram reiniciados em 1840, durante a renovação urbana por Louis-Philippe e a reconfiguração haussmaniana da cidade de 1859 a 1860. O local foi consagrado como o “Ossário Municipal de Paris” em 7 de abril de 1786 e, a partir de então, assumiu o mítico nome de “Catacumbas”, em referência às catacumbas romanas, que fascinavam o público desde a sua descoberta.
A partir de 1809, as Catacumbas foram abertas ao público por meio de agendamento. No final do circuito foi colocado um registro, onde os visitantes puderam escrever suas impressões. Ele foi preenchido muito rapidamente porque essas visitas rapidamente se tornaram um sucesso tanto para os franceses quanto para os estrangeiros. Com o passar dos anos, o ossário tornou-se o local de descanso de muitos indivíduos ilustres. Em 1787, o conde de Artois, o futuro Carlos X, visitou o local na companhia de um grupo de damas da corte; em 1814, Francisco I, o imperador austríaco, fez uma excursão lá; e em 1860, Napoleão III desceu às catacumbas com seu filho.
Durante o século XIX, o regime de visitação mudou constantemente, desde o fechamento total até a abertura mensal ou trimestral. As Catacumbas de Paris agora estão abertas a todos sem a necessidade de autorização e recebem quase 550.000 visitantes por ano.